Lunds domkyrkas krypta är vida berömd för sin arkitektur skapad av Domkyrkans förste arkitekt Donatus. En skog av artistiskt formade pelare och kolonner lyfter de 41 korsvalven. Pelarna har olika dekorer och vissa upplevs nästan som vridna eller som att stenen har ”runnit” nedför pelaren som i rännilar. När ljuset faller in på pelarna kan kryptans tak nästa upplevas som svävande på grund av pelarna form. Pelarnas form syftar troligen tillbaka till templet i Jerusalem som skulle ha haft liknande pelare. Domkyrkans äldsta altare, huvudaltaret i kryptan, invigdes av Lunds förste ärkebiskop Ascer den 30 juni 1123. Altaret är helgat åt Johannes döparen och alla profeter och patriarker.
Till Lunds siste ärkebiskop, Birger Gunnarsen, högg Adam van Düren en monumental sarkofag år 1512. Den finns placerad på den plats där kryptan altare tidigare var placerat, Birger lät flytta altaret österut till dess nuvarande placering och placerade sin egen sarkofag på den forna altarplatsen. I kryptans norra del går en grävd vattenkälla i dagen. Kring källan har Adam van Düren år 1513-1514 skapat ett brunnskar med satiriska motiv och texter på plattyska, bland annat en bild på en kvinna som biktar sig för en munk och texten: ”mången ger en annan ett gott råd, fastän han själv inte följer detsamma”.
I kryptan finns det två sidokapell. Det södra används regelbundet som en plats för gudstjänst och enskild andakt.